Dr. Bönninghausen wurde als Kind einer der ältesten und vornehmsten Familien in Westfalen, Deutschland, geboren. Sein voller Name lautete Clemens Maria Franz Baron von Bönninghausen.
Baron war er aufgrund seiner Geburt; von Beruf war er Rechtsanwalt, seine Neigungen galten der Landwirtschaft. Er bekleidete angesehene und verantwortliche Ämter in Deutschland und führte ein Leben, in dem er Ansehen genoss und Einfluss ausübte.
Als Doktor der Rechtswissenschaften arbeitete Dr. Bönninghausen eine zeitlang als Rechtsanwalt und wurde später zum Richter berufen. Wegen seines Interesses am Gartenbau wurde er zum Direktor des Botanischen Gartens in Münster berufen. Dort wurde er als der "Weise von Münster" bekannt. 1827 erkrankte er hier an purulenter Tuberkulose.
Als alle Heilversuche der orthodoxen Medizin vergeblich blieben und die Ärzte ihm keine Hoffnung auf Heilung mehr machten, schilderte er in einem Abschiedsbrief seinem Freund Dr. A. Weihe die Hoffnungslosigkeit seiner Lage. Dr. A. Weihe war Homöopath und schlug Bönninghausen vor, es mit einer homöopathischen Behandlung zu versuchen. Zu beider Glück war die Behandlung erfolgreich und Bönninghausen wurde geheilt.
Hiervon stark beeindruckt, war das Interesse von Bönninghausen an der Homöopathie geweckt und er widmete sich in den ihm verbleibenden Jahren dem Studium der Homöopathie. In dieser Zeit unterhielt er eine regelmäßige Korrespondenz mit Dr. Hahnemann. Die meisten seiner systematischen Arbeiten zur Homöopathie wurden zwischen 1828 und 1846 veröffentlicht. Er schrieb regelmäßig zu homöopathischen Themen in den Fachjournalen.
Aufgrund seines Wissens und seiner Erfahrung erließ König Friedrich Wilhelm IV von Preußen im Juli 1843 eine Kabinettsorder, die Dr. Bönninghausen das Recht gab, ohne entsprechenden Studienabschluss als Arzt die Heilkunde auszuüben.
Bönninghausen starb 1864 im hohen Alter von 79 Jahren.
Die herausragenden Beiträge von Bönninghausen zur Verbreitung und Förderung der Homöopathie waren:
1. Die Klassifizierung charakteristischer Symptome und
2. Die Erstellung des Ersten Repertoriums der anti-psorischen Arzneimittel.
Bönninghausen unterteilte die klassischen Symptome in sieben Kategorien. Diese sind:
1. Quis (Wer - Persönlichkeit des Patienten)
2. Quid (Was - Besonderheiten der Beschwerden)
3. Ubi (Wo - Sitz der Krankheit)
4. Quibus Auxilus (Was sonst noch - Begleitende Symptome)
5. Cur (Causa - Verursachungen)
6. Quamado (Wann - Zeitliche Modalitäten)
7. Quando ( Wann - Modalitäten der Begleitumstände).
Eine zweite Aufgabe, die ihm Hahnemann zugewiesen hatte, war die Vorbereitung eines Repertoriums, mit dessen Hilfe man leichter das richtige homöopathische Arzneimittel finden sollte. Es war sehr schwierig und zeitaufwendig, das richtige Simillimum aus den umfangreichen Materiae Medicae auszuwählen; aber gerade deswegen war die Erarbeitung eines Repertoriums die einzige richtige Antwort. Bönninghausen kannte das Hahnemann`sche Schema (die Abfolge der Prüfungen von homöopathischen Arzneimitteln wurde durch Hahnemann festgelegt). Bönninghausen kannte alle geprüften anti-psorischen Arzneimittel und ihre charakteristischen Symptome. Er war daher prädestiniert, das erste Repertorium zusammenzustellen. Dr. Hahnemann hat sodann mit diesem Repertorium gearbeitet und befand es als sehr praktisch und zweckmäßig.